Crunomys whiteheadi tworzy klad z C. hylomyoides i C. musschenbroekii oraz wcześniej obejmował okazy które zostały w 2012 roku opisane jako nowy gatunek – C. tajuddinii. Ostatnie badania wykazały znaczną zmienność genetyczną, co być może sugerować istnienie w obrębie C. whiteheadi wiele podgatunków lub nawet odrębnych gatunków; zachodzi potrzeba przeprowadzenia dodatkowych badań. Analiza przeprowadzona w 2025 roku w oparciu na danych mitochondrialnego DNA że Crunomys jest zagnieżdżony w obrębie Maxomys, wobec przeniesione wszystkie gatunku z rodzaju Maxomys do opisanego wcześniej rodzaju Crunomys.
Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World uznają ten gatunek za monotypowy.
Etymologia Crunomys: krounos ‘źródło’, od κρουνοι krounoi ‘potok’ lub ‘strumień’; μυς mus, μυος muos ‘mysz’. whiteheadi: John Whitehead (1860–1899), angielski odkrywca, kolekcjoner z Borneo w latach 1885–1888, Filipin w latach 1893–1896 i z Hajnanu (Chiny) w 1899 roku.
Morfologia Długość ciała (bez ogona) 100–126 mm, długość ogona 88–108 mm, długość ucha 15–18 mm, długość tylnej stopy 22–30 mm;