Możliwość rozróżniania różnych stanów mas neutrin dostarczy istotnych informacji o ich naturze i roli w modelu standardowym.
Oprócz wymienionych podstawowych celów naukowych, teleskopy KM3NeT są potężnym narzędziem w poszukiwaniach ciemnej materii we wszechświecie. Ponadto, infrastruktura badawcza obejmuje urządzenia pomiarowe wykorzystywane także w innych naukach, jak np.: biologia morska, oceanografia i geofizyka. Urządzenia te także umożliwiają długoterminowy i bieżący monitoring środowiska głębinowego i dna morskiego na głębokości kilku kilometrów.
Projekt mały|Cyfrowy moduł optyczny (DOM) detektora KM3NeT w laboratorium Infrastruktura budowana we Francji i Włoszech docelowo będzie się składać z prawie 200 000 czujników światła (fotopowielaczy), które są rozmieszczane w trzech tzw. blokach konstrukcyjnych: dwóch w części KM3NeT/ARCA i jednego w części KM3NeT/ORCA. Każdy blok konstrukcyjny docelowo będzie zbudowany z 115 elastycznych pionowych strun, zakotwiczonych na dnie morza, nazywanych jednostkami detekcyjnymi. Na każdym sznurze znajduje się 18 sferycznych modułów optycznych (DOM), zawierających po 31 fotopowielaczy skierowanych w różnych kierunkach.