System pozycjonowania akustycznego, składa się z emiterów akustycznych znajdujących się w każdej podstawie i czujników piezoceramicznych w każdym module optycznym (DOM-ie), jako odbiorników akustycznych. Sieć czujników akustycznych odbiera nie tylko fale wysyłane przez nadajniki, ale też pochodzące od otoczenia i może być używana nie tylko do określania położenia DOM-ów, ale także do badań monitorowania akustycznego, takich jak bioakustyka, monitorowanie hałasu statków, kontrola hałasu środowiskowego a co istotne do akustycznego wykrywania neutrin. Sygnał akustyczny wywołany przez interakcję neutrin w płynie jest krótkotrwałym ekstremalnie kierunkowym i o szerokim zakresie częstotliwości impulsem, problemem jest opracowanie algorytmów wybierających takie zdarzenia spośród innych dźwięków.
Historia budowy Konstrukcja teleskopu neutrinowego KM3NeT jest modułowa i jego budowa jest rozłożona w czasie. Realizację projektu badawczego KM3NeT rozpoczęto w 2012 roku zaczynając od przygotowania infrastruktury w dwóch miejscach na dnie morskim, tj. KM3NeT-Fr i KM3NeT-It. Prototyp modułu optycznego KM3NeT został przyłączony do teleskopu ANTARES i przy jego użyciu zbierano dane przez około rok w latach 2013–2014.