Od 2002 roku Shakman zajmuje się głównie reżyserią. W jego dorobku znajdują się takie seriale jak Sukcesja, Mad Men, Sześć stóp pod ziemią, The Boys, Wielka, Dr House, Fargo i U nas w Filadelfii.
W 2017 roku Shakman wyreżyserował odcinki The Spoils of War i Eastwatch siódmego sezonu serialu Gra o tron. W sierpniu tego samego roku Shakman został nowym dyrektorem artystycznym Geffen Playhouse w Los Angeles.
W 2017 roku TriStar Pictures ogłosiło, że Shakman wyreżyseruje nadchodzącą adaptację filmową The Phantom Tollbooth.
W 2021 roku Shakman wyreżyserował i wyprodukował serial WandaVision dla Disney+. Tego samego roku ujawniono, że Shakman wyreżyseruje film z serii Star Trek. Pod koniec sierpnia 2022 roku poinformowano, że Shakman prowadzi rozmowy w sprawie wyreżyserowania filmu Fantastyczna 4: Pierwsze kroki, mającego premierę zaplanowaną na 2025 rok. Miał zastąpić na tym stanowisku Jona Wattsa, który opuścił projekt. 26 sierpnia 2022 roku Shakman zrezygnował z pracy nad Star Trekiem, powołując się na „konflikt harmonogramu”. Kilka tygodni później został ogłoszony reżyserem Fantastycznej Czwórki.
Życie prywatne Jego ojciec był żydem, a matka katoliczką, a ich międzywyznaniowe małżeństwo było źródłem konfliktu z babcią Shakmana od strony ojca.