W trakcie okupacji niemieckiej przebywał we Włocławku, gdzie zaangażowany był w działalność różnych organizacji konspiracyjnych. Od jesieni 1939, wznowił działalność w strukturach „Grunwaldu” i zajmował się werbowaniem kadr w środowisku młodzieży harcerskiej oraz w środowisku związanym z Akcją Katolicką.
Od kwietnia-maja 1940 działał również w strukturach Związku Walki Zbrojnej Obwód Włocławek, gdzie zajmował się utrzymywaniem łączności z konspiracyjnym harcerstwem. Prowadził również tajne nauczanie.
W luty 1940 zainicjował również powstanie organizacji konspiracyjnej Kujawskiego Związku Polityczno-Literackiego, na której czele stanął Eugeniusz Karol Kłosowski pseud. „Zew”, „Zawisza”, „Rymwid”. Henryk Promis nie wyszedł w skład władz KZPL, ale odpowiadał za kontakt między KZPL i sztabem Obwodu Włocławek ZWZ. Do ZWZ wprowadził między innymi Janine Lech, która pełniła funkcję łączniczki między KZPL i ZWZ. Gdy na przełomie stycznia i lutego 1941 doszło do rozbicia KZPL i aresztowań jego członków, Promis zdołał zbiec w trakcie próby aresztowania. Za działalność w KZPL poszukiwany był listem gończym. Ukrywał się na terenie Włocławka.