W 1572 roku ożenił się z Angela di Francesco Baldassini z Como, która wniosła w posagu sumę 300 dukatów, zagarniętą zaraz przez ojca. W styczniu 1575 roku Jacopo wygrał z ojcem sprawę sądową i sumę tę odzyskał. W 1576-1577, zostawiając rodzinę pod opieką krewnego Antonia Bottiego, przeniósł się na dwór Medyceuszy do Florencji. Otrzymał miesięczne stypendium wynoszące początkowo 25 dukatów. Zastąpił Giorgia Vasariego w roli zarządzającego (), założoną przez księcia Kosmę Medyceusza w 1563 roku. Ligozzi służył kolejnym władcom Wielkiego Księstwa Toskanii z rodu Medyceuszów: Franciszkowi I, Ferdynandowi I, Kosmie II oraz Ferdynandowi II.
W 1586 roku Ligozzi ozdobił freskami Grotę Tetydy znajdującą się za () w miejscowości Vaglia. Został mianowany dyrektorem wielkoksiążęcego zakładu rzemieślniczego zajmującego się projektowaniem dzieł sztuki przeznaczonych głównie na eksport (): haftowanych tkanin, a także mozaik florenckich (pietra dura), tworzonych z kamieni półszlachetnych i kolorowych marmurów.
Ligozzi jest autorem cyklu fresków przedstawiających epizody z życia św. Franciszka z Asyżu w krużgankach przy florenckim . Namalował również płótno przedstawiające Sw. Rajmunda wskrzeszającego dziecko dla kościoła Santa Maria Novella i Męczeństwo św.