Jednocześnie, od 1999 roku pracował w Zarządzie Prowincjalnym Prowincji Zwiastowania Pańskiego SAC w Poznaniu jako sekretarz prowincjalny. Od 2004 do 2010 roku w Zarządzie Generalnym SAC w Rzymie jako sekretarz generalny. Od 2011 do 2020 roku był rektorem kościoła pw. św. Elżbiety w Gdańsku oraz przełożonym tamtejszej wspólnoty pallotyńskiej. Od 2011 do 2017 (dwie kadencje), był radcą prowincjalnym w Radzie Prowincjalnej Prowincji Zwiastowania Pańskiego SAC. Od 2020 jest przełożonym pallotynów w Poznaniu oraz ponownie sekretarzem prowincjalnym, a także prowincjalnym inspektorem ochrony danych osobowych.
Działalność na rzecz ochrony dzieci i młodzieży W maju 2015 roku z ramienia prowincji zakonnej, do której należy został mianowany delegatem przełożonego prowincjalnego ds. ochrony dzieci i młodzieży.
W 2021 zakony męskie w Polsce rozpoczęły współpracę z Fundacją Świętego Józefa KEP przedstawiając jednocześnie kandydaturę Janusza Łuczaka do zarządu fundacji. 11 marca 2021 Konferencja Episkopatu Polski zatwierdziła tę kandydaturę, a 11 października 2023 zatwierdziła na kolejną kadencję (2022-2025) skład zarządu fundacji, do którego ponownie należał Janusz Łuczak.