Faza pucharowa rozgrywek Ligi Mistrzów AFC Elite 2024/2025 rozpoczęła się 3 marca 2025 i została zakończona meczem finałowym, który odbył się 3 maja 2025.
Terminarz Wszystkie losowania miały miejsce w siedzibie AFC w Kuala Lumpur, w Malezji. RundaData losowaniaData pierwszego meczuData drugiego meczu1/8 finału–3-5 marca 202510-12 marca 2025Ćwierćfinał17 marca 202525-27 kwietnia 2025–Półfinał–29-30 kwietnia 2025–Finał–3 maja 2025
Zakwalifikowane drużyny Do startu w fazie pucharowej uprawnionych było 16 drużyn:
8 najlepszych drużyn fazy ligowej Ligi Mistrzów Elite z regionu zachodniego, 8 najlepszych drużyn fazy ligowej Ligi Mistrzów Elite z regionu wschodniego.
Do dalszych etapów turnieju przechodzą zwycięzcy poszczególnych meczów. Na etapie 1/8 finału wyniki zostaną rozstrzygnięte przez dwumecz, od ćwierćfinałów odbywają się pojedyncze mecze. Od tej fazy rozgrywek gospodarzem wszystkich spotkań jest Arabia Saudyjska.