Po zmianie nazwy klubu na Jacht Klub Marynarki Wojennej „Kotwica” w 1993 roku, kontynuowano organizację wypraw morskich. W 1994 roku Koga III wyruszył w wieloetapowy rejs na Morze Śródziemne, śladami walk polskich okrętów podwodnych podczas II wojny światowej. Rejs trwał 200 dni, a jacht odwiedził liczne miejsca pamięci związane z polską historią morską. W 1998 roku jacht Sekstant wyruszył w kolejną wyprawę na Morze Śródziemne. Podczas powrotu, w wyniku sztormu na Zatoce Biskajskiej, jacht stracił ster, ale załoga zdołała doprowadzić go do najbliższego portu, sterując spinaker bomem. Po naprawie jacht powrócił do Gdyni.
W 2006 roku Tornado pod dowództwem kpt. Edwarda Kinasa wyruszył w rejs z młodzieżową załogą przez Morze Północne, Biskaje i Atlantyk do Gibraltaru, uczestnicząc w "Operacji Żagiel 2006". W 2012 roku jacht Legia pod dowództwem kpt. Macieja Sodkiewicza odbył wieloetapowy rejs na Morze Białe przez Kanał Białomorski oraz jeziora Ładoga, Onega i Wygozero, pokonując 3160 mil morskich w 65 dni.