O. Niezgoda przez wiele lat był wykładowcą w szeregu seminariach duchownych: Wyższym Seminarium Duchownym Franciszkanów w Krakowie, Prymasowskim Wyższym Seminarium Duchownym w Gnieźnie, Wyższym Seminarium Misyjnym Księży Sercanów w Stadnikach, Wyższym Seminarium Duchownym oo. Bernardynów w Kalwarii Zebrzydowskiej. Nadto prowadził wykłady w Międzyzakonnym Studium Pastoralnym w Krakowie. Wykładał: homiletykę, teologię dogmatyczną, teologię duchowości, teodyceę oraz franciszkanizm. W latach 60. XX w. pełnił urząd prowincjała swojej macierzystej prowincji zakonnej. Na emeryturę przeszedł w 1999 roku.
Oprócz pracy dydaktycznej w seminariach o. Niezgoda poświęcał się pracy duszpasterskiej, głosił rekolekcje, posługiwał żeńskim zgromadzeniom zakonnym: klaryskom, sercankom i michalitkom. Długie lata był kapelanem Arcybractwa Męki Pańskiej przy krakowskiej Bazylice św. Franciszka z Asyżu.
Franciszkanin pozostawił spora spuściznę: opracowania naukowe dotyczące historii ruchu franciszkańskiego i zakonu. Publikował również książki popularnonaukowe dotyczące historii Kościoła.
O. Cecylian Niezgoda zmarł 27 listopada 2003 roku. W pogrzebie uczestniczyli kardynałowie Stanisław Nagy i Franciszek Macharski.