Bazydiospory 5,2–10,8 × 2,8–6,4 μm, Q = 1,3–2,5, elipsoidalne, wrzecionowate lub cylindryczne we wszystkich widokach, lekko ścięte, z centralną lub lekko ekscentryczną porą rostkową, wyrostek wnęki zwykle widoczny. Podstawki 10–15 × 5–7 μm, maczugowate, 4-zarodnikowe. Brachybazydiole 5–7 × 3–5 μm, maczugowate. Cheilocystydy 15–40 × 8–15 μm, zmienne, kuliste do prawie kulistych, maczugowate, elipsoidalne lub butelkowate. Pleurocystydy 15–30 × 10–15 μm, prawie kuliste do maczugowatych lub elipsoidalnych. Skórka kapelusza zbudowana ze spłaszczonych, wydłużonych strzępek do 50 × 3–5 μm. Osłona (velum universale) złożona z rozgałęzionych elementów cylindrycznych i elementów kulistych do prawie kulistych o różnym stopniu zdobienia brodawkowatego, elementy cylindryczne do 120 × 4–10 μm, elementy kuliste o średnicy 10–50 μm, elementy kłaczkowate pokrywające trzon złożone z cylindrycznych, rozgałęzionych strzępek podobnych pod względem wielkości i kształtu do tych występujących w osłonie, ale bez zdobienia. Brak sprzążek. Gatunki podobne Czernidłówka łajnowa jest jednym z kilku małych gatunków występujących na odchodach zwierząt. Najłatwiej rozpoznać ją w młodości, gdy nierozszerzony kapelusz jest pokryty osłoną złożoną zmącznych granulek i brzeżnych włosków. Charakterystyczny jest również nieprzyjemny, często ulotny zapach.