26 lipca 2019 Wharton został wypożyczony do Northampton Town, równocześnie podpisując 3–letni kontrakt z klubem. Będąc na wypożyczeniu, Wharton szczególnie zaimponował fanom, zwyciężając w głosowaniu i zdobywając nagrodę Młodzieżowego Zawodnika Miesiąca League Two za listopad 2019. Northampton zakończyło sezon 2019–20 na 7. miejscu w tabeli, ostatecznie wygrywając baraże i tym samym awansując do League One. Wharton rozegrał pełne 90 minut w obu meczach półfinałowych oraz w finale baraży.
Statystyki (aktualne na 15 marca 2025) KlubSezonLigaPuchar AngliiPuchar LigiInneUwzględniono:EFL Trophy – 10 (0)Baraże o awans do League One – 4 (0).SumaLigaMeczeBramkiMeczeBramkiMeczeBramkiMeczeBramkiMeczeBramkiBlackburn Rovers2015–16Championship00000000002016–17Championship2000213Występy dla drużyny U23.0712017–18League One00100010202018–19Championship00000000002019–20Championship00000000002020–21Championship70001000802021–22Championship3020000003022022–23Championship2214032002732023–24Championship2822040003422024–25Championship0000000000Ogólnie8957085401108Cambridge United (wyp.)2016–17League Two9100000091Lincoln City (wyp.)2017–18League Two1420000101522018–19League Two111101030161Bury (wyp.)2018–19League Two152000000152Northampton Town (wyp.)2019–20League Two323411060434Ogólnie w karierze1701412112313020018