Powrócił jednak do domu po 9 miesiącach, przeprowadzili się z rodziną do obszernej rezydencji w Rio de Janeiro i wrócił do pracy w zawodzie inżyniera budownictwa, ale w tajemnicy przed żoną pomagał lewicowym bojownikom i członkom partyzantki w Brazylii i za granicą.
20 stycznia 1971 r. aresztowano Rubensa Paivę, a kolejnego dnia ją samą i ich piętnastoletnią córkę Marię Elianę. Córkę wypuszczono po jednej dobie, ją samą przesłuchiwano przez dwanaście dni i więziono w ciężkich warunkach. Rubens Paiva zmarł natomiast wskutek tortur w więzieniu w drugim dniu przesłuchania. Oficjalnie nikt nie został powiadomiony o jego śmierci i został on uznany za zaginionego. Ponieważ nie wydano aktu zgonu męża, Paiva nie mogła korzystać z pieniędzy zdeponowanych w banku. Dopiero w 1996 r. udało jej się uzyskać oficjalny akt zgonu męża, ale dopiero w 2025 r. poprawiono w nim przyczynę zgonu i zapisano morderstwo popełnione przez ówczesne władze. Było to możliwe, gdyż przeforsowała uchwalenie ustawy nr 9.140/1995, która z urzędu uznała osoby zaginione za rządów junty za zmarłe.