Windischgrätz natychmiast wzmocnił obsadę swoich koszar i zorganizował paradę wojskową w robotniczej dzielnicy Karlín, aby sprowokować czeski proletariat.
Powstanie Drugiego dnia Pięćdziesiątnicy, 12 czerwca, radykalni studenci odprawili mszę na terenie dzisiejszego placu Wacława w centrum Nowego Miasta w Pradze. W uroczystościach wziął udział duży tłum, co wywołało zamieszanie przed pobliską kwaterą główną armii. Austriaccy żołnierze otworzyli ogień do tłumu, aby chronić swojego dowódcę, Windischgrätza. Walki szybko rozprzestrzeniły się na wschodnie dzielnice Pragi, a wąskie średniowieczne uliczki miasta zostały zablokowane barykadami. Podczas walk żona Windischgrätza Marie Eleonora zginęła trafiona zabłąkaną kulą.
Przez następne dwa dni obie strony starały się wzmocnić swoje pozycje. Armia Windischgrätza szybko otrzymała więcej żołnierzy z północnego zachodu, ale czescy chłopi nie byli zbyt przychylni sprawie praskich powstańców. W tym samym czasie, po negocjacjach, doszło do wymiany więźniów, w wyniku której gubernator Pragi, Leopold von Thun und Hohenstein, został przekazany siłom rządowym.