Doktorat z teologii obronił 15 maja 1926 roku na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie na podstawie rozprawy doktorskiej zatytułowanej: Szpital św. Gotarda pod Włocławkiem (klasztor cystersów w latach 1229-1358)Ks. M. Banaszek, Ksiądz Józef Nowacki – historyk kościoła w Polsce (Pośmiertne wspomnienia o działalności naukowej i pedagogicznej), W: J. Nowacki, Dzieje Archidiecezji poznańskiej, t. 2, Poznań 1964, s. 968.. Doktorat umożliwił mu objęcie profesury w Seminarium Duchownych w Poznaniu oraz katedry historii Kościoła i patrologiiKronika Miasta Poznania. Stara I Nowa Fara, 2003:3, s. 28.. Dwa lata później otrzymał tytuł profesora zwyczajnego. W roku 1938 habilitował się, również na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jana Kazimierza we LwowieF. Lenort, Josepho Nowacki post obitum anno quadragesimo, W: Ecclesia. Studia z dziejów Wielkopolski, F. Lenort (red.), t. 2, Poznań 2006. s. 15.. Ks. Nowacki wykładał w Poznaniu do 1939 roku, a po przerwie okupacyjnej podjął pracę na stanowisku profesora w Seminarium Duchownym w Gnieźnie. Do odbudowanego po zniszczeniach wojennych seminarium w Poznaniu, powrócił w roku 1947. Do 1961 roku był wykładowcą historii Kościoła, natomiast wykłady z patrologii i seminarium naukowe prowadził do końca życiaF. Lenort, Josepho Nowacki post obitum anno quadragesimo, W: Ecclesia.