Zaopatrzył w indeksy alfabetyczne poszczególne księgi wizytacyjne z XVII i XVIII stulecia. Większość zasobu archiwalnego otrzymała praktyczny inwentarz kartkowy, który w dużej mierze przyczynił się do usprawnienia obsługi korzystających z Archiwum badaczy, których liczba nieustannie rosła (w roku 1935 przekroczyła 900)F. Lenort, Josepho Nowacki post obitum anno quadragesimo, W: Ecclesia. Studia z dziejów Wielkopolski, F. Lenort (red.), t. 2, Poznań 2006. s. 17. W 1939 roku praca organizacyjna i badawcza księdza Nowackiego w Archiwum Archidiecezjalnym w Poznaniu została przerwana. 4 października 1939 roku cały magazyn został opieczętowany przez władze niemieckie i rozpoczął się proces likwidacji Archiwum. Jego zbiory przewożono do pomieszczeń Archiwum Państwowego, któremu przydano nazwę ReichsarchivF. Lenort, Josepho Nowacki post obitum anno quadragesimo, W: Ecclesia. Studia z dziejów Wielkopolski, F. Lenort (red.), t. 2, Poznań 2006. s. 17. W skład personelu tej instytucji, razem z innymi archiwistami z terenu Poznania, wszedł również ks. Nowacki, dzięki czemu mógł śledzić losy archiwaliów, co okazało się bezcenne po zakończeniu II wojny światowej, gdy rozpoczął się żmudny proces rewindykacji F. Lenort, Josepho Nowacki post obitum anno quadragesimo, W: Ecclesia. Studia z dziejów Wielkopolski, F. Lenort (red.), t.