Obawiając się kolejnego zamążpójścia wbrew swojej woli Maria i Joanna wspólnie zdecydowały, że Maria weźmie kolejny ślub.
Król Węgier Ludwik Wielki chciał, aby Maria go poślubiła, lecz siostry odrzuciły tę propozycję.
Maria na męża wybrała Filipa II, młodszego brata swego ówczesnego szwagra Ludwika. Maria ze strony swojej matki była jego kuzynkąMatka Marii - Maria Walezjuszka i matka Filipa - Katarzyna II - były przyrodnimi siostrami. Dodatkowo Filip był kuzynem jej zmarłego ojcaFilip jako syn Filipa I był wnukiem Karola Kulawego; ojciec Marii jako syn Roberta Mądrego również był jego wnukiem.
Ślub wzięli w listopadzie 1354. Było to dla Filipa pierwsze małżeństwo, dla Marii – trzecie. Filip po śmierci najstarszego brata Roberta w 1364 (Ludwik, mąż królowej Joanny zmarł w 1362) odziedziczył tytuł cesarza Konstantynopola.
Potomstwo Z pierwszego małżeństwa Maria miała 5 dzieci:
Ludwik (ur. grudzień 1343, zm. 14 stycznia 1345) Joanna (ur. 1344, zm. 1387), po śmierci ojca księżna Durazzo, Agnieszka (ur. 1345, zm. 1388), cesarzowa Konstantynopola jako żona Jakuba de Baux Klemencja (ur. 1346, zm. 1363 lub 1371), Małgorzata (ur. 1347, zm.