Struktura i metodologia Podział MEGA składa się z materiałów Marxa między 1835 do jego śmierci w 1881, jak i Engelsa od 1838 do jego śmierci w 1895, podzielonych na cztery części gdzie każda z nich zajmuje się etapem w rozwoju myśli intelektualnej Marxa i Engelsa:
I. Prace, artykuły, projekty Wszystkie prace filozoficzne, ekonomiczne, historyczne i polityczne, publikacje, artykuły i przemówienia Marxa i Engelsa w tym Ideologia niemiecka (tom I/5), Walki klasowe we Francji 1848-1850 (tom I/10), Osiemnasty brumaire'a Ludwika Bonaparte (tom I/11), Krytyka programu gotajskiego (tom I/25) i Anty-Dühring (tom I/27) są częścią tej sekcji. Ta sekcja będzie obejmować 32 tomy.
II. Kapitał i prace przygotowawcze Ta sekcja zawiera główne dzieło Marxa, Kapitał: krytyka ekonomii politycznej (ze wszystkimi trzema tomami) oraz wszystkie prace ekonomiczne i rękopisy z nim związane, począwszy od Grundrisse z 1857/58 (tom II/1). Ta sekcja jest jak dotąd jedyną ukończoną, została ukończona tomem II/4.3 w 2012 roku i obejmuje 15 tomów w 23 książkach.
III. Listy Pełna korespondencja Marxa i Engelsa, zarówno wymiana listów między sobą, jak i od Marxa i Engelsa do osób trzecich, których listy do obu autorów są również w całości wydrukowane w wydaniu. Sekcja będzie obejmować 35 tomów.