Koncepcja pedagogiczna Olga Małkowska była żywo zainteresowana koncepcjami pedagogicznymi XX. wieku. Z zachowanych notatek wynika, że znała koncepcje pedagogiczne Mary Everest Boole, Édouard Claparède, Pierre Bovet, Maria Montessori czy John Dewey. Poglądy te, a także jej przemyślenia doprowadziły do wytworzenia specyficznej koncepcji pedagogicznej w Cisowym Dworku. Głównym postulatem było stworzenie dziecku warunków do pełnego rozwoju jego indywidualnego charakteru, jednocześnie z zachowaniem ingerencji dorosłych, która mogłaby ten rozwój wspierać. Bardzo duży nacisk położono na wychowanie fizyczne. Dzieci miały być hartowane, wyrabiano w nich poprzez zajęcia i ćwiczenia odporność fizyczną, dzielność, sprawność i samodzielność. Każde z dzieci nie tylko uczestniczyło w licznych wędrówkach i zabawach w terenie, ale było także współodpowiedzialne za porządek. Tym samym program pracy nie był ściśle uregulowany, a poszukując pracowników i nauczycieli, Olga Małkowska kierowała się nie ich długoletnią praktyką, a otwarciem na świat i nowatorskie pomysły.