Wciąż jednak organizowano z dziećmi przedstawienia, baliki, organizowano wycieczki po okolicy.
W sierpniu 1939 roku, w obliczu zbliżającej się wojny Olga Małkowska odesłała dzieci dworkowe do rodziców, sama zaś wyruszyła do Krakowa aby porozumieć się z Przewodniczącym ZHP Michałem Grażyńskim. Wojna zastała ją w drodze powrotnej do Sromowiec. Ostrzeżona przez ludność o tym, że jest na liście osób do aresztowania, podjęła próbę przedostania się na zachód.
Dzieje „Dworku Cisowego” po wojnie mały|Cisowy Dworek – tablica pamiątkowa Dworek Cisowy nie uległ zniszczeniom podczas II wojny światowej, między innymi dzięki interwencjom okolicznej ludności. Na początku stycznia 1945 roku służył jako schronienie dla osieroconych dzieci. W kolejnych latach harcerki starały się przywrócić w Dworku dawną działalność, Olga Małkowska przysyłała z zagranicy dary rzeczowe. W listopadzie 1949 roku cały teren Dworku Cisowego został przekazany w dzierżawę Towarzystwu Domów i Prewentoriów Dziecięcych, zaś od kwietnia 1954 roku mieściła się tutaj szkoła powszechna. Od 1959 roku Orle Gniazdo było dzierżawione przez Inspektorat Oświaty Dzielnicowej Rady Narodowej Warszawa-Śródmieście. Po powrocie do Polski w 1965 roku, Olga Małkowska przekazała wszystkie budynki w darowiźnie Prezydium Dzielnicowej Rady Narodowej Warszawa-Śródmieście.