Niemniej istnieje jeszcze hipoteza o hybrydowym pochodzeniu szczekuszki jenisejskiej.
Podgatunków się nie wyróżnia.
Gatunek należy do grupy szczekuszki ałtajskiej, obejmującej także szczekuszki północną, mandżurską i skalną. Późniejsze badania genetyczne obejmujące zarówno DNA jądrowe, jak i mitochondrialne potwierdziły przynależność szczekuszki jenisejskiej do podrodzaju Pika. Do tego samego podrodzaju należy szczekuszka ałtajska oraz szczekuszka północna.
Jest to jedyny współczesny rodzaj należący do rodziny szczekuszkowatych.
Tryb życia Szczekuszka jenisejska zachowuje aktywność za dnia, nocą bowiem przeszkadza jej chłód. Życie na północy upływa jej za długich dni polarnych w lecie i nocą polarną zimą. Unika pogody wietrznej oraz południa. Wedle części źródeł jest dość skryta, żyjąc między kamieniami i poruszając się korytarzami wśród mchów. Wedle innych nie wiedzie specjalnie skrytego trybu życia, łatwo dostrzegalna i głośna w zachowaniu.