Kontrolne badanie TK klatki piersiowej wykazało „początek obustronnego zapalenia płuc” i nastąpiła zmiana w terapii leczenia papieża. Do 22 lutego 2025 stan zdrowia papieża lekko się poprawił, jednak tego samego dnia rano doszło do kryzysu astmatycznego, który wymagał podania tlenu. Ponadto badania krwi wykazały małopłytkowość połączoną z anemią, przez co konieczna była transfuzja krwi. 23 lutego 2025 papież nadal był w stanie krytycznym, przy czym stwierdzono u niego początek lekkiej niewydolności nerek. Ostatecznie został wypisany ze szpitala 23 marca 2025, jego stan określono wówczas jako stabilny, wcześniej po raz pierwszy od pobytu w klinice ukazał się wiernym na balkonie w klinice, wypowiadając kilka słów oraz udzielił zgromadzonym błogosławieństwa.
6 kwietnia 2025 papież pojawił się na wózku inwalidzkim na placu św. Piotra i błogosławił wiernych. 9 kwietnia odbył spotkanie z królem Karolem III oraz królową Kamilą. 10 kwietnia Franciszek pojawił się w bazylice św. Piotra, aby zobaczyć prace remontowe, zainteresowanie mediów przykuł fakt, iż Ojciec Święty ubrany był w czarne spodnie i biały sweter. 13 kwietnia pobłogosławił tłum zgromadzony na placu św. Piotra z okazji Niedzieli Palmowej.