Jego republikańskie poglądy doprowadziły do konfliktu z Zakonem św. Jana. W 1797 roku został aresztowany pod zarzutem udziału w spisku. Uwolniony przez Napoleona po zajęciu Malty w 1798, został mianowany przez francuską administrację superintendentem szkół narodowych. Była to pierwsza próba stworzenia systemu szkół podstawowych na Malcie, w których nauczanie czytania, pisania i arytmetyki miało odbywać się w języku maltańskim, przy użyciu opracowanego przez Vassallego alfabetu i gramatyki. Plan ten jednak nie został zrealizowany z powodu maltańskiego powstania przeciwko Francuzom i późniejszej brytyjskiej blokady.
Zesłanie i powrót Po przejęciu władzy przez Brytyjczyków, Vassalli, postrzegany jako niebezpieczny jakobin, został w 1801 roku skazany na dożywotnie zesłanie. Wyjechał do Francji. Dopiero w 1820 roku, dzięki staraniom brytyjskiego dyplomaty Johna Hookhama Frere'a, pozwolono mu wrócić na Maltę.
Późniejsze lata i śmierć W 1825 roku został mianowany pierwszym profesorem języka maltańskiego na Uniwersytecie Maltańskim. Mimo to nadal spotykał się z niechęcią ze strony władz kościelnych i części społeczeństwa. Zmarł w biedzie 12 stycznia 1829 roku.