Przewodniczącym KK został Lejb Neustadt, jego zastępcą Michał Weichert, a sekretarzem organizacji Emanuel Ringelblum.

Podczas oblężenia Warszawy komisja objęła swoją działalnością teren warszawskiej dzielnicy żydowskiej, prowadziła 54 schroniska dla uchodźców i pogorzelców oraz 32 jadłodajnie. Organizacja była finansowana głównie przez Joint, podczas okupacji niemieckiej wchłonęła w siebie m.in. Centralny Komitet Pomocy Żydom Warszawy i Ogólny Komitet Pomocy Uchodźcom z Niemiec, jej autonomiczną częścią stał się także m.in. Brijus. Całkowicie niezależnie od KK działały CENTOS oraz TOZ. Większość wydziałów ŻSS–KK prowadziła swoje biura w budynku przy ulicy Leszno 13, magazyny organizacji mieściły się w gmachu Głównej Biblioteki Judaistycznej oraz Wielkiej Synagogi. Od wiosny 1940 roku do gmachu biblioteki i synagogi zaczęły przenosić się wszystkie biura organizacji.