W lipcu 1940 roku kierownictwo organizacji stanowiło czterech dyrektorów: Weichert, Ringelblum, Pinchas Czerski i Abram vel Adolf Sztolcman. We wrześniu 1940 roku w Warszawie powstał Żydowski Komitet Opiekuńczy Miejski, pod którego nadzór musiały przejść wszystkie niezależne stowarzyszenia tworzące ŻSS–KK, a organizacja utraciła status centrali działalności samopomocowej w Warszawie. W związku z powstaniem Żydowskiej Samopomocy Społecznej, która miała objąć swoim zasięgiem całe Generalne Gubernatorstwo, 30 października ŻSS–KK została zlikwidowana, a część jej funkcji oraz personelu przejęło Żydowskie Towarzystwo Opieki Społecznej, które podporządkowane zostało ŻKOM.
Struktura W lipcu 1940 roku w ramach organizacji działały: Wydział Personalny (kierownik Michał Brandstätter) Referat Nadzoru (kierownik Gustaw Wielikowski) Wydział Rejestracyjno-Statystyczny (kierownik Menachem Linder) Centralna Kartoteka Wydział Kuchen Ludowych (kierownik Szyja Braude) Komisja Zakupów/Wydział Zaopatrywania (kierownik Henryk Rottenberg) Sekcja Opieki nad Uchodźcami i Pogorzelcami (kierownik Stanisław Benkiel, od stycznia 1940 roku Rafał Buchweitz) Wydział Ziomkostw Centralna Komisja Sektora Społecznego Uchodźców Komisja Pomocy Konstruktywnej (kierownik Rafał Buchweitz) Sekcja Pracy Społecznej (kierownik Emanuel Ringelblum) Wydział