W 1997 roku klub zadebiutował w Bundeslidze, uzyskując wówczas dziesiąte miejsce. W sezonie 1998/1999 uzyskano szóstą pozycję. W 2001 roku klub zadebiutował w Pucharze Europy. Berliński zespół wygrał wówczas z Monmouth Minnows i Gambitem Bonnevoie, zremisował z Herzliya Chess Club i Alkaloidem Skopje, a przegrał z Petersburgiem Lentransgaz, Wiasnianką Mińsk i AO Kydon Chania, w klasyfikacji końcowej zajmując 25. miejsce. W następnym roku w europejskich rozgrywkach klub został sklasyfikowany na 23. pozycji, w sezonie 2003 uzyskał 29. miejsce, natomiast w roku 2005 zajął 25. pozycję. Ponadto w 2005 roku nastąpiła zmiana siedziby klubu z Neukölln na Schöneberg, w związku z czym w listopadzie zmieniono jego nazwę na SF Berlin 1903. W sezonie 2005/2006 zespół zajął ósme miejsce w Bundeslidze, następnie uzyskując 17. miejsce w Pucharze Europy. Sezon 2006/2007 zakończył się spadkiem z Bundesligi, jednak do najwyższej niemieckiej klasy rozgrywkowej berliński klub powrócił już rok później. W sezonie 2009 zespół uzyskał 35. miejsce w Pucharze Europy. W 2011 roku SF Berlin zajął w tych rozgrywkach 17. miejsce, a trzy lata później – 40. W 2016 roku zespół zajął piąte miejsce w Bundeslidze, następnie został sklasyfikowany na 47. miejscu w Pucharze Europy. W 2018 roku w europejskim turnieju SF Berlin uzyskał 15.