W latach 1998–2008 pracował jako profesor w wyższych szkołach zawodowych: WSB NLU w Nowym Sączu (1998–1999), Instytucie Technicznym PWSZ w Legnicy (2000–2004), Wyższej Szkole Zarządzania ,,Edukacja" we Wrocławiu (2005–2008). Prowadząc współpracę z matematykami z Purdue University, West Lafayette, USA, przebywał tam, prowadząc badania i wykłady w 2005 roku. Prowadził wykłady na Uniwersytecie Technicznym w Dreźnie w roku akademickim 2004/05, a w 2008/09 był docentem w Instytucie Matematycznym Polskiej Akademii Nauk.
Organizacyjna Brał udział w organizacji pracy Instytutu Matematyki Politechniki Wrocławskiej. Był zastępcą dyrektora w okresie (1996–2000) i dyrektorem (2000–2002). W latach 90. XX wieku aktywnie wprowadzał komputeryzację w administracji, dydaktyce i badaniach naukowych. Wspólnie z różnymi matematykami (Andrzej S. Nowak, Tadeusz Radzik, Zdzisław Porosiński, ) prowadził seminarium Modele Stochastyczne – Optymalizacja – Teoria Gier.
Krzysztof Szajowski jest członkiem Polskiego Towarzystwa Matematycznego.