W okresie dominacji łacińskiej, od roku 1284, kiedy Andegawenowie zdobyli Korfu, do roku 1799, kiedy Wenecjanie opuścili wyspę, prawosławie było wyznaniem drugiej kategorii. W tym okresie ustanowiono biskupstwo katolickie na Korfu (obecna archidiecezja Korfu–Zakintos–Kefalina, a zwierzchnik duchowieństwa greckiego nosił tytuł (archipresbyter Graecorum). Po zniesieniu władzy weneckiej przywrócono metropolię Korfu pod zwierzchnictwem patriarchy ekumenicznego.
Po utworzeniu państwa greckiego i przekazaniu miasta Korfu wraz z całą wyspą spod brytyjskiego protektoratu Wysp Jońskich greckiemu królowi Jerzemu I w 1864 katedra Panagia Spiliotissa stała się katedrą prawosławnej metropolii Korfu w jurysdykcji Kościoła Grecji.
Biskupi (zm. 953) (XII wiek) (1219–1232) (XV w.) Hieroteusz (2 lutego 1800 – 18131) Makary (1822 – 2 września 1827, od 1818 gubernator Korfu) Chryzantos (Masellos) (1833–1848) Atanazy (Politis) (1848 – 29 kwietnia 1870) Antoni (Hariatis) (1870–1881) Eustachy (Vulismas) (1884–1895) Sebastian (Nikokavouras) (19 września 1899 – lipiec