Od strony zachodniej i północnej kompleks otoczony był stromymi, granitowymi wzgórzami, od wschodu dodatkową przeszkodę stanowiła rzeka, zaś od południa – bagna. W granicach klasztoru znajdowało się również niewielkie jezioro będące źródłem wody pitnej na wypadek oblężenia. Kompleks świątynny zajmował obszar o wymiarach ok. 80 × 45 m, a główna świątynia miała wymiary ok. 45 × 20 m.
Klasztor istniał jednak krótko; już w 1671 roku w wyniku wewnętrznych konfliktów między Ojratami został zdobyty i zniszczony przez wojska , późniejszego chana Chanatu Dżungarskiego. W latach swojego istnienia Abyłajkit był jednym z największych ośrodków religijnych i kulturalnych Dżungarii, a w bibliotece klasztornej przechowywano wiele cennych buddyjskich tekstów, z których część z pewnością pochodziła z Tybetu.