Pod koniec lat 50. biblioteka zmagała się z licznymi trudnościami – częstymi zmianami kadry kierowniczej, niedostateczną przestrzenią oraz szybko rosnącym księgozbiorem. W 1958 roku inspektor z Wojewódzkiej Biblioteki Publicznej w Warszawie zarządził wstrzymanie eksploatacji budynku ze względu na niezgodne z przepisami BHP warunki pracy. W odpowiedzi na ten problem Rada Miasta zatwierdziła projekt przeniesienia instytucji na ul. Kościuszki 49. W kolejnym roku udało się także przenieść część administracyjną na ul. Świętojańską 12, pozostawiając w dotychczasowej lokalizacji jedynie wypożyczalnię, która obsługiwała księgozbiór liczący ponad 18 000 woluminów i działała w godzinach 13:00–18:00.
W 1959 roku kierownictwo nad biblioteką objęła Barbara Młodawska (z d. Podolska), sprawując tę funkcję do 1997 roku.
W latach 1959–1963 trwała budowa nowej siedziby biblioteki w wybranej wcześniej lokalizacji. Nowy budynek miał pełnić funkcję nie tylko biblioteki, ale również ośrodka kultury. W 1960 roku doszło do katastrofy budowlanej, która wstrzymała prace na kilkanaście miesięcy. Według relacji mieszkańców podczas wypadku zginęło dwóch robotników, jednak władze miasta i służby nigdy nie opublikowały oficjalnego komunikatu w tej sprawie.