Od lat młodzieńczych postanowił związać swoją drogę życiową z Wojskiem Polskim, w szczególności z lotnictwem wojskowym. Z tego względu po ukończeniu szkół powszechnych wstąpił do Szkoły Podoficerów Lotnictwa dla Małoletnich w Bydgoszczy (SPLdM.28.02.40). Nauka w niej trwała trzy lata. Mieczysław Borodej ukończył ją w 1934 r. Uzyskał w niej tytuł mechanika samolotowego, który obejmował także podstawowe wyszkolenie w zakresie pilotażu. Uzyskał wówczas stopień kaprala lotnika. Kolejnym krokiem w jego drodze do kariery pilota było zdobycie specjalności pilota bombowego w Centrum Wyszkolenia Oficerów Lotnictwa, które mieściło się w Sadkowie pod Radomiem. Jego pierwszym przydziałem była 64 Eskadra Liniowa w ramach 6 Pułku Lotniczego we Lwowie.
Kolejnym krokiem, niezbędnym w dalszym rozwoju jako pilota wojskowego, było zdanie matury, by móc starać się o stopnie oficerskie. Ten krok został osiągnięty w dniu 17 maja 1938 r., kiedy to Mieczysław Borodej zdał eksternistycznie maturę. Ten fakt umożliwiał wstąpienie do Szkoły Podchorążych Lotnictwa w Dęblinie („Szkoła Orląt”). Naukę w wymienionej placówce rozpoczął 3 stycznia 1939 r. po zdaniu wymaganych egzaminów.