W 1996 strona internetowa Marx.org została przeniesiona na serwer komercyjnego dostawcy usług internetowych (ISP), co przyczyniło się do wzmożonej aktywności ze strony wolontariuszy. W kolejnych latach doszło jednak do konfliktu pomiędzy wolontariuszami zaangażowanymi w rozwój witryny a Zodiaciem, który zachował pełną kontrolę nad projektem oraz nazwą domeny. W miarę rozszerzania zakresu archiwum, Zodiac zaczął obawiać się, że otwarcie na różnorodne nurty marksizmu stanowi „śliską ścieżkę” prowadzącą do sekciarstwa. Wolontariusze, którzy zajmowali się transkrypcją tekstów, wyrażali niezadowolenie z powodu braku wpływu na sposób organizacji i funkcjonowania archiwum. Na początku 1998 Zodiac podjął decyzję o powrocie do pierwotnej formuły projektu, polegającej na publikacji wyłącznie dzieł Marksa i Engelsa, usuwając prace innych autorów.
W lipcu 1998 wolontariusze utworzyli obecną formę MIA, przenosząc pliki i zasoby z dotychczasowej strony Marx.org. Inicjatywa ta doprowadziła do dalszego wzrostu aktywności oraz poszerzenia zakresu archiwum. Strona Marx.org została ostatecznie zamknięta przez Zodiaca w 1999, a w 2002 zrezygnował on z praw do domeny, która została następnie wykupiona przez MIA.