Represje wzrosły po załamaniu się powstania moskiewskiego i wprowadzeniu w grudniu 1905 r. stanu wojennego. Do końca 1906 r. osadzono w więzieniu około 300 osób.
Dnia 21 sierpnia 1906 r. dokonano zamachu bombowego na policmajstra kapitana Golcewa. W chwili po wybuchu bomby, rozpoczęła się strzelanina na ulicy Alejowej (obecnie ul. Jana Kilińskiego) i Ogrodowej (ul. Henryka Sienkiewicza). Po masowych rewizjach wysłano 182 osoby do więzienia. W 1908 r. dokonano krwawej rozprawy z rewolucjonistami po nieudanym zamachu na pocztę w Sokołowie Podlaskim 9 stycznia 1908 r. Na skutek zdrady jednego z bojowców, Michała Wolgemunta, aresztowano 11 osób, które po wstępnym przesłuchaniu w budynku policji odesłano do więzienia. W 1915 r. Rosjanie wycofali się z Królestwa Polskiego, a więzienie zostało poddane władzy okupacyjnej, tym razem niemieckiej. W tym czasie zapełniło się ono aresztantami, przede wszystkim nieprzestrzegającymi niemieckich zarządzeń administracyjnych.