W kolejnych dekadach oba kraje współpracowały w walce z handlem narkotykami i przemocą gangów, w tym Mara Salvatrucha (znanego również jako MS-13), który odpowiadał za największą liczbę ofiar przemocy w Salwadorze. W 2018 roku kilkaset do kilku tysięcy Salwadorczyków stanowiło część i przemierzyło cały Meksyk, aby dotrzeć do północnego miasta Tijuana, a następnie złożyć wniosek o azyl w Stanach Zjednoczonych. W styczniu 2019 roku ponad 700 Salwadorczyków uzyskało azyl w Meksyku. Wielu Salwadorczyków zdecydowało się pozostać w Meksyku, zamiast stawić czoła niepewności związanej z próbą ubiegania się o azyl w USA, a także nie chcąc zostać odrzuconym i deportowanym z powrotem do Salwadoru. W 2022 roku liczba Salwadorczyków ubiegających się o azyl w Meksyku wzrosła do ponad 5500. 27 marca 2023 roku w pożarze w ośrodku dla migrantów w mieście Ciudad Juárez, położonym na granicy amerykańsko-meksykańskiej, zginęło 7 Salwadorczyków, a 5 zostało rannych.