Drużyny, które przegrały w tej rundzie, otrzymały prawo gry w III rundzie kwalifikacyjnej Ligi Europy UEFA.
Podział na koszyki Uwaga: Losowanie II rundy kwalifikacyjnej odbyło się przed zakończeniem I rundy kwalifikacyjnej, więc rozstawienia dokonano przyjmując założenie, że awans uzyska drużyna z najwyższym współczynnikiem w poprzedniej rundzie. W przypadku awansu, którejś z drużyn nierozstawionej, w II rundzie przejmuje ona współczynnik najwyżej rozstawionego rywala.
Oznaczenia Drużyny, które awansowały z I rundy eliminacyjnej zachowując swój współczynnik. Drużyny, które zaczęły rywalizację od II rundy eliminacyjnej. Drużyny, które awansowały z I rundy eliminacyjnej, przejmując współczynnik rywala.
Ścieżka mistrzowska
Grupa 1 Drużyny rozstawione Drużyna Wsp. FK Crvena zvezda44.000 Maccabi Tel Awiw37.500 Dynamo Kijów23.500 Malmö FF14.500 Drużyny nierozstawione Drużyna Wsp. Ħamrun Spartans12.000 Pafos FC11.125 FK RFS11.000 Lincoln Red Imps10.000
Grupa 2 Drużyny rozstawione Drużyna Wsp. FC Kopenhaga44.875 Ferencvárosi TC39.000 Łudogorec Razgrad24.000 Lech Poznań19.000 Drużyny nierozstawione Drużyna Wsp. HNK Rijeka12.000 Drita Gnjilane9.000 Breiðablik9.000 Noah Erywań8.000