W literaturze Postacią tą inspirowało się wielu wczesnoromantycznych twórców drugiej i trzeciej dekady XIX wieku, w tym m.in. wileńscy filomaci (operetka Czeczota i żartobliwy utwór Ignacego Szydłowskiego Nagrobek Małgorzacie Zembocińskiej), członkowie Towarzystwa Ćwiczącej się Młodzieży w Literaturze Ojczystej (Wyrok Bolesława Walentego Chłędowskiego) czy młodzież krzemieniecka (duma Mikołaj i Małgorzata Karola Sienkiewicza). Powieści poświęcone tej postaci tworzyli również Dominik Magnuszewski i Paulina Krakowowa. Małgorzata z Żębocina jest tytułową bohaterką powieści Małgorzata z Zębocina. Powieść z dziejów ojczystych XI wieku Zygmunta Krasińskiego; wzmiankowana jest również w poświęconym Bolesławowi Szczodremu rozdziale Wizerunków książąt i królów polskich Józefa Ignacego Kraszewskiego. Małgorzata z Żębocina jest również tytułową bohaterką operetki autorstwa Jana Czeczota - utwór ten odczytał on 29 grudnia 1819 roku na spotkaniu filomatów, a na późniejszym spotkaniu został on zrecenzowany przez Adama Mickiewicza. Zdaniem Wojciecha Kruszewskiego operowa forma utworu Czeczota mogła wpłynąć na kształt i formę drugiej części Dziadów Mickiewicza.