XX wieku rozpoczęto modernizację infrastruktury oraz terminala dla statków wycieczkowych.
W 2007 roku zakończono całkowite przeniesienie przeładunku towarowego do nowoczesnego , po wschodniej stronie wyspy, przekształcając tym samym Funchal w port wyłącznie pasażerski i rekreacyjny.
W 2024 roku port Funchal przyjął ponad 700 tysięcy pasażerów, głównie dzięki dużemu wzrostowi liczby zawinięć statków wycieczkowych – był to rekordowy wynik w historii portu i jeden z najwyższych w Portugalii.
Infrastruktura i funkcje portu Od 2007 roku port pełni wyłącznie funkcje pasażerskie i turystyczne – wszystkie operacje towarowe zostały przeniesione do portu Caniçal na wschodnim wybrzeżu wyspy.
Port dysponuje nowoczesnym terminalem międzynarodowym (Gare Marítima Internacional do Porto do Funchal), zlokalizowanym przy nabrzeżu Pontinha. Terminal ten został zaprojektowany z myślą o obsłudze dużych statków wycieczkowych i spełnia międzynarodowe standardy bezpieczeństwa (ISPS Code). Oferuje m.in. punkty odprawy celnej i paszportowej, poczekalnie, sklepy, punkty gastronomiczne oraz informację turystyczną.