Szczególne znaczenie miały dla niego pisma Gustavo Gutiérreza, Leonardo Boffa, Juana Luisa Segundo, Porfiria Mirandy i Ignacio Ellacuríi.
W nocy z 15 na 16 listopada 1989, podczas wojny domowej w Salwadorze, salwadorscy żołnierze wtargnęli do kampusu UCA i zamordowali sześciu jezuitów (w tym Ignacio Ellacuríe), gospodynię i jej 15-letnią córkę. Sobrino ocalał, ponieważ w tym czasie przebywał na konferencji w Tajlandii.
Myśl teologiczna Jon Sobrino należy do grona najważniejszych myślicieli teologii wyzwolenia. Jego twórczość koncentruje się na osobie Jezusa Chrystusa jako wybawiciela i towarzysza ludzi ubogich, cierpiących i wykluczonych. Podkreśla, że Kościół nie powinien odwracać się od ofiar i „ukrzyżowanych narodów”, lecz solidaryzować się z nimi w duchu miłosierdzia i nadziei.
Sobrino pisał:
W 2007 Dykasteria Nauki Wiary wydała notyfikację krytykującą niektóre jego poglądy chrystologiczne, zarzucając mu m.in. nadmierne skupienie się na ludzkiej naturze Jezusa. Dokument ten spotkał się z protestami wielu środowisk teologicznych, które uznały działania Watykanu za nieuzasadnione i sprzeczne z duchem soborowej odnowy.
Wybrane publikacje Jon Sobrino jest autorem licznych książek, z których wiele uznaje się dziś za klasyczne dzieła teologii wyzwolenia.