W 1870 roku w budynku szkolnym urządzono mieszkanie dla organisty.
Po wybuchu II wojny światowej w budynku szkolnym więziono 43 Polaków, których następnie wywieziono do obozów zagłady. Na pamiątkę powieszono tablicę upamiętniającą. Po zakończeniu działań wojennych misja utworzenia nowej placówki wychowawczej przypadła pochodzącemu z województwa białostockiego Henrykowi Pięciakowi, który został kierownikiem szkoły. Do Mierzeszyna przybył 14 lipca a już we wrześniu w towarzystwie wójta gminy Józefa Olszewskiego, rozpoczął się pierwszy po wojnie rok szkolny 1945/1946, na który zapisano 47 uczniów. Na przełomie lat 60. i 70. XX wieku kierownikiem szkoły była Maria Stryczyńska a po niej Ludwik Jakubek. Od sierpnia 1983 do 31 sierpnia 1985 dyrektorem była Elżbieta Koderko, a od września tego roku do 15 lutego 1987 – Ewa Florczyk. Od 16 lutego 1987 do 31 sierpnia 2004 dyrektorem była Zofia Szymańska, a od 1 września 2004 roku Bogdan Skiba.mały|Budynek szkolny w 2006 rokuW 1999 roku, wskutek reformy oświaty, utworzono Zespół Szkół Kształcenia Podstawowego i Gimnazjalnego, w którym oddział gimnazjalny umiejscowiony został w Warczu. 13 października 2003 roku nadano szkole imię księdza Jana Pawła Aeltermanna. 1 września 2009 roku zlikwidowano oddział gimnazjalny, co wiązało się z rozwiązaniem zespołu szkół.