Freski od samego momentu ich powstania ulegały niszczeniu. W 1543 roku papież Paweł III powołał mundatora (sprzątacza), który miał za zadanie usuwać kurz i dym, gromadzący się na ścianach. Stanowisko to objął Francesco Amadori, asystent Michała Anioła. W 1547 roku włoski historyk Paolo Giovio napisał list do Giorgia Vasariego, w którym pisał, że malowidła są w złym stanie. Freski były wielokrotnie poddawane pracom konserwatorskim i odnowieniu (w latach 1565, 1625, 1635, 1710–1712, 1903–1905, 1923–1945, 1966, 1980–1994). Simone Lagi w 1635 roku podjął się czyszczenia fresków za pomocą chleba i lnianych szat. Annibale Mazuzuoli ze Sieny prowadził renowacje od września 1710 do grudnia 1712 roku. Niszczejące freski czyścił za pomocą gąbki i greckiego wina. Obok Mazuzoliego na początku XVIII wieku przeprowadzono naprawę zniszczonych partii. Wówczas odtworzono nogę Eleazara. Przypuszczalnie naprawy tego fresku podjął się Carlo Maratta. W XIX wieku prowadzono doraźne prace naprawcze. Plamy i zacieki usuwano za pomocą nakładania kolejnych warstw werniksów żywicznych i kleju.