Kim uzyskał reelekcję w wyborach parlamentarnych w 2000 roku, jednak jego partia MDP oraz koalicjant – Sojusz Liberałów Demokratycznych (ALDE) – nie zdobyli większości w parlamencie. Mimo to 17 maja 2000 roku wywołał kontrowersje wraz z kilkoma innymi posłami, gdy po wieczorze upamiętniającym powstanie w Gwangju udali się do klubu karaoke o nazwie Millennial NHK. Pod koniec roku został również skrytykowany za to, że opowiedział się przeciwko mniejszościowej frakcji swojej partii, popierając skrzydło większościowe i jego wizję reformy ugrupowania.
Wybory na burmistrza Seulu w 2002 roku Przed wyborami prezydenckimi w 2002 roku Kim był drugim najpopularniejszym politykiem w Partii Demokratycznej Tysiąclecia (MDP). W listopadzie 1999 roku w sondażu magazynu Sisa Journal został uznany za najlepszego przyszłego lidera XXI wieku. Mimo to postanowił ubiegać się o urząd burmistrza Seulu, ponieważ ze względu na wiek (miał 38 lat) nie mógł kandydować w wyborach prezydenckich – kandydaci muszą mieć ukończone co najmniej 40 lat.