Upadek i odratowanie Około 1612, kiedy rzeka co roku zalewała klasztor, zakonnice zbudowały w kościele wyniesioną posadzkę w połowie wysokości nawy. W końcu w 1647, gdy częste powodzie uniemożliwiły użytkowanie klasztoru, król Jan IV nakazał zakonnicom opuszczenie go. Ostatnie zakonnice opuściły zespół w 1677, gdy na pobliskim wzgórzu zbudowano nowy klasztor, zwany Klasztorem Santa Clara-a-Nova (Nowa Święta Klara). Gotyckie grobowce królowej Elżbiety i innych księżniczek królewskich przeniesiono do nowego budynku. Z biegiem wieków stary klasztor popadł w ruinę i został częściowo przykryty przez bagna rzeki Mondego. Zniszczeniu uległ także pałac. Po opuszczeniu przez wspólnotę religijną klasztor i otoczenie stały się terenem rolniczym, a górna część świątyni została przekształcona w miejsce do mieszkania, stodołę i zagrody. mały|258x258px|Widok kościoła i pozostałości po zabudowaniach klasztornych - stan po restauracji. W tle, na wzgórzu, widoczny klasztor Santa Clara-a-Nova. Ze względu na swoje historyczne i architektoniczne znaczenie, w 1910 klasztor zaklasyfikowano jako pomnik narodowy i poddano gruntownej renowacji przez państwo portugalskie w latach 1932-1937, a następnie różnym działaniom zabezpieczającym w latach 1957-1981.