Choroba i śmierć Ostatnie lata życia ojciec Jan spędził w Centrum Opieki Długoterminowej w Mierzęcicach. Zmarł 9 marca 2026 roku tamże. Pogrzeb Ojca Jana Golonki odbył się 13 marca 2026 roku w Bazylice Jasnogórskiej. Trumna z ciałem zakonnika spoczęła na cmentarzu św. Rocha w Częstochowie.
Odznaczenia i nagrody Ojciec Jan Golonka został uhonorowany licznymi odznaczeniami państwowymi, kościelnymi i środowiskowymi, w tym m.in.:
Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (2012) Złoty Krzyż Zasługi Złoty Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis” (2021) Złoty Medal „Za zasługi dla obronności kraju” Medal „Siły Zbrojne w Służbie Ojczyzny” Medal „W służbie Bogu i Ojczyźnie” (2019) Tytuł Honorowy Kustosza Pamięci Narodowej (2006) Tytuł Honorowego Żołnierza Armii Krajowej Tytuł Kanonika Honorowego Kapituły Katedry Polowej Wojska Polskiego. Tytuł Honorowego Kapelana Wojsk Chemicznych Nagroda im. Juliusza Ligonia (1990) Nagroda Prezydenta Miasta Częstochowy w dziedzinie kultury (1992) Nagroda im.