Podjęła pracę jako nauczycielka akademicka na Uniwersytecie Jagiellońskim i na Akademii Andrzeja Frycza Modrzewskiego w Krakowie.

Była kierowniczką dwóch projektów badawczych finansowanych ze środków Narodowego Centrum Nauki w ramach grantu NCN: „Europejska polityka kryminalna wobec przestępstw motywowanych kulturowo” oraz, w latach 2018–2022, „Kobieta jako ofiara zabójstwa”. Została wybrana na sekretarzynię Komisji Kryminologicznej Polskiej Akademii Umiejętności. We wrześniu 2023 została członkinią rady nadzorczej Centrum Praw Kobiet.

200px|thumb|right|Demonstracja przed budynkiem sądu okręgowego w Krakowie towarzysząca posiedzeniu w sprawie, którą Magdalena Grzyb wytoczyła transaktywistce Mai Heban

Magdalena Grzyb określiła się jako „feministka wyklęta” i ofiara kultury unieważniania (ang. cancel culture). Jej teksty publicystyczne ukazywały się w portalu Kultura Liberalna i Gazecie Wyborczej;