Akcja gry Control ma miejsce w Najstarszej Siedzibie (ang. Oldest House), brutalistycznym wieżowcu w Nowym Jorku, który służy jako siedziba FBK. Jest to Obiekt Mocy o kilku paranormalnych cechach: jest większy w środku niż na zewnątrz, a jego wewnętrzna architektura jest podatna na nieprzewidywalne przekształcenia i zmiany aranżacji. Federalne Biuro Kontroli jest w stanie stabilizować części Najstarszej Siedziby, wykorzystując punkty rezonansu zwane Punktami Kontroli (ang. Control Points).
Bohaterką gry Control jest Jesse Faden (grana przez ), która została wybrana przez Zarząd na stanowisko dyrektora Federalnego Biura Kontroli, aby zastąpić niedawno zmarłego Zachariaha Trencha (James McCaffrey). Siedemnaście lat przed wydarzeniami z gry Jesse i jej młodszy brat Dylan (Sean Durrie) byli uwikłani w Wydarzenie Alter Świata w swoim rodzinnym mieście Ordinary w stanie Maine. Po odkryciu Obiektu Mocy w formie projektora slajdów, dwójka dzieci przypadkowo uwolniła siły paranormalne, które spowodowały zniknięcie dorosłej populacji Ordinary. Jesse i Dylan zostali uratowani przez Polaris, tajemniczą istotę telepatyczną. Niedługo potem agenci Federalnego Biura Kontroli przybyli do Ordinary, porywając Dylana i projektor slajdów, podczas gdy Jesse uciekła.