W sierpniu 1940 roku Królestwo Węgier w wyniku Drugiego Arbitrażu Wiedeńskiego zaanektowało północną Transylwanię, w tym miejscowość Miercurea-Ciuc, a klub zaczął występować w mistrzostwach Węgier pod węgierską nazwą Csíkszeredai Testnevelési Egylet (Stowarzyszenie Wychowania Fizycznego w Csíkszereda). W sezonie 1943/44 zespół występował w trzeciej lidze, Nemzeti Bajnokság III, gdzie zajął ostatnie 5.miejsce w grupie Székelyföld. W kolejnym sezonie 1944/45, w wyniku reorganizacji systemu ligowego, klub został zakwalifikowany do rozgrywek w drugiej lidze, podzielonej na 16 regionalnych dywizji. Rozgrywki zostały jednak przerwane z powodu przesunięcia frontu podczas II wojny światowej. Anektowany region został zajęty przez wojska rumuńskie w 1944 roku i przyznany Królestwu Rumunii po zakończeniu wojny.