Archiwum Uniwersytetu Jagiellońskiego – pozawydziałowa jednostka Uniwersytetu Jagiellońskiego, która ma za zadanie przechowywanie, opracowywanie i udostępnianie dokumentacji oraz materiałów związanych z historią UJ oraz z krakowskim ośrodkiem naukowym, w tym akt wytworzonych na UJ. Archiwum prowadzi badania nad dziejami Uniwersytetu Jagiellońskiego, nadzoruje narastający zasób dokumentacji UJ, prowadzi kancelarię i kształci nowych archiwistów. Siedziba Archiwum znajduje się w gmachu Biblioteki Jagiellońskiej.
Struktura organizacyjna Na Archiwum składają się: czytelnia, biblioteka, oddział akt dawnych, oddział akt nowych, oddział akt Collegium Medicum, oddział dokumentacji prasowej, oddział digitalizacji, oddział konserwacji i oddział badań dziejów Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Zbiory W Oddziale Akt Dawnych Archiwum UJ (dawniej nazywanym działem staropolskim) przechowywane są źródła Uniwersytetu Krakowskiego od jego fundacji w okresie średniowiecza (lata 1364 i 1400), przez okres nowożytny i reformę Kołłątajowską (1780) aż do końca istnienia I Rzeczypospolitej (1795). Zbiory w Oddziale Akt Dawnych Archiwum UJ są podzielone na trzy zespoły: dokumentów pergaminowych, rękopisów i akt papierowych. Zbiory zajmują pomieszczenia pełniące funkcję magazynu, muzeum i pracowni naukowej.