W sierpniu 1946 roku podczas nadzwyczajnego XI Zjazdu Przedstawicieli Zjednoczenia Kościołów Chrystusowych, na którym postanowiono reaktywować Zjednoczenie Kościołów Chrystusowych jako samodzielny Kościół, wybrano nową Radę Naczelną Kościoła w której Mikołaj Korniluk został powołany na sekretarza.

Jak podaje Leszek Jańczuk, Mikołaj Korniluk został zwerbowany 2 lutego 1948 roku dla sprawy agenturalnego rozpracowania „Fanatyk” i otrzymał pseudonim „Henryk”. Oceniano, że „słabe lecz prawdziwe daje materiały”. W ramach rozmów pytany był o Jerzego Sacewicza, Bolesława Winnika i Teodora Maksymowicza, o których udzielał obiektywnych informacji, jednocześnie nie potwierdzając, aby zajmowali się oni działalnością szpiegowską. W efekcie udzielanych informacji, mu nie ufano, a jego samego podejrzewano o pracę dla wywiadu amerykańskiegoLeszek Jańczuk – Plan operacyjny częściowej likwidacji tzw. sekt w Polsce w 1949 roku w Rocznik Teologiczny LXII / z. 1/2020, s. 127–143. 3 czerwca 1949 roku Julia Brystiger poprosiła dyrektora Departamentu II MBP o dostarczenie dostępnych informacji na temat czołowych działaczy ZKE i ZKCh: Szenderowskiego, Stawińskiego, Więckiewicza, Sacewicza, Winnika, Korniluka i Jakoniuka.