W sierpniu 1941 ok. 1800 czyżewskich Żydów zostało zamordowanych przez Niemców w pobliżu miejscowości Szulborze Wielkie. Dla ok. 200 osób ocalałych z mordu utworzono niewielkie getto przy ul. Polnej. 2 listopada 1942 getto zostało zlikwidowane, a jego mieszkańców wywieziono do Zambrowa.
Do 1948 roku miejscowość była siedzibą gminy Dmochy-Glinki. W latach 1954–1972 miejscowość znajdowała się w Gromadzie Czyżew-Osada. 31 grudnia 1959 r. do gromady tej przyłączono wsie z Gromady Czyżew-StacjaW. Jemielity, Podziały administracyjne powiatów wysokomazowieckiego i łapskiego w latach 1919–1990 ze Studia Łomżyńskie, tom VII. Łomża 1996 r. s. 108–115.. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa łomżyńskiego.
13 października 2007 honorowe obywatelstwo gminy odebrał podczas specjalnej uroczystości Prezydent RP Lech Kaczyński.
W 2008 r. w miejscowości mieszkało 2670 osób, po chwilowym spadku liczby ludności, liczba mieszkańców zaczęła ponownie rosnąć i wynosi aktualnie 2643 osoby.
1 stycznia 2011 po ponad 140 latach Czyżew odzyskał prawa miejskie. Do 3 maja 2012 był jedynym miastem w Polsce bez herbuUchwała XVIII/124/12 Rady Miejskiej w Czyżewie z dnia 3 maja 2012 r.