W 1939, w pierwszych dniach kampanii wrześniowej, tereny polskiego Spisza zostały zajęte przez Słowację, która była sprzymierzona z Niemcami. Przez całą II wojnę światową Czarna Góra pozostawała przy Słowacji, dzięki czemu warunki bytowe były znacznie lepsze niż po drugiej stronie rzeki Białki, gdzie tereny były objęte przez generalne gubernatorstwo. Po zakończeniu wojny, Czarna Góra z powrotem wróciła do Polski.
W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Czarna Góra. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa nowosądeckiego.
Ciekawostki Przed I wojną światową w Czarnej Górze mieszkały dwie rodziny żydowskie, które prowadziły karczmę.
W 1874 miała miejsce ogromna powódź. Po powodzi mieszkańcy wybudowali kapliczkę św. Jana Nepomucena na skraju wsi w stronę Jurgowa. Miała ona chronić wioskę przed wylewem rzeki Białka i potoku Bryjów. Na ten sam rok datuje się powstanie kapliczki świętej Trójcy przy ulicy Nadwodniej, która miała powstać po przejściu epidemii cholery w Czarnej Górze i okolicach.
Od XVII wieku mieszkają w Czarnej Górze Romowie, którzy przybyli z Węgier. Założyli oni znany zespół muzyczny Kałe Bała, którego prezesem jest Teresa Mirga.